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一、鉴别诊断亚健康状态有时需要和一些常见疾病进行鉴别，以免耽误治疗时机。
1、贫血贫血患者也可以出现头晕、头痛、乏力、心慌、多汗、晕厥、月经不调，但尚有面色苍白、易感冒、血色素低等症状，可以通过血常规化验和骨髓穿刺鉴别。
2、器质性心脏病由高血压、冠状动脉硬化、风湿热、肺动脉高压、病毒感染等病因引起的器质性心脏病，也可以有胸闷、心悸、心律不齐等症状，但一般体检和心电图检查可以发现相应阳性体征，而亚健康状态却表现正常。
3、神经衰弱亚健康状态与神经衰弱在临床表现上十分相似，实验室检查也属正常，故鉴别起来比较困难。但神经衰弱一般病史较长，神经系统的症状更突出一些，而且常有药物治疗史，亚健康状态的裙身症状则要更多一些。
4、慢性疲劳综合征病因目前尚不明确，本病多发于20——50岁，与长期过度劳累，包括脑力和体力疲劳、饮食生活不规律、工作动力和心理压力过大等精神环境因素以及应激等造成的神经、内分泌、免疫、消化、循环、运动等系统的功能紊乱关系密切。部分人认为，慢性疲劳综合征与免疫力有关，一个人的免疫力增强，患上慢性疲劳综合征的概率就相对较低。
中医学也认为，饮食生活不规律、长期的精神心理压力及房事不节等是导致本病的关键，以肝气不舒，心绪不畅为本、为实，以心、脾、肾诸脏气血阴阳不足为标、为虚。
